Chociaż elektrownie wiatrowe powstały po to, by chronić środowisko, to jednak nie do końca spełniają to zadanie. Farmy wiatrowe są bowiem dużym zagrożeniem przede wszystkim dla latających w ich pobliżu ptaków oraz nietoperzy. Łopaty wirnika przecinają powietrze z prędkością ponad 150 km/h. Kiedy pomiędzy takie łopaty dostanie się ptak czy nietoperz nie ma szans na przeżycie.

Właśnie z tego powodu farmy wiatrowe nie powinny znajdować się na szlakach sezonowych wędrówek ptaków. Na ten problem uwagę zwracają światowi ekolodzy, którzy informują, że elektrownie wiatrowe w dużym stopniu przyczyniają się do ginięcia zagrożonych gatunków ptaków, w tym m. in. orłów, sokołów i drzemlików.

Jak obliczono jedna turbina rocznie zabija nawet 1300 latających ptaków drapieżnych. Inne badania wykazały natomiast, że niektóre z ptaków, np. gęsi, dostosowują trasy swoich przelotów do lokalizacji elektrowni wiatrowych. Dzięki temu zmniejszają możliwość kolizji lub ją całkowicie wykluczają.